Гены, кодирующие антибиотикорезистентность, могут стать причиной появления микроорганизмов, устойчивых к антибиотикам (супербактерий, superbugs)

Дополнительное сомнение в безопасности ГМ пищевых продуктов вызывает возможное присутствие в ГМ культуре устойчивых к антибиотикам «маркёрных» генов. Эти гены вводятся в состав ГМ генной кассеты для того, чтобы специалисты в области генной инженерии могли определить, насколько удачно прошло внедрение в ДНК клеток растения-хозяина конкретного ГМ гена. При введении антибиотика в организм растения в нем выживают лишь те клетки, в ДНК которых с успехом внедрилась ГМ генная кассета. Если устойчивый к антибиотику маркёрный ген физически связан с целевым ГМ геном, он сохраняется в конечной ГМ культуре, предназначенной для массового производства.

В исследовании in vitro (лабораторном исследовании, которое не проводится на живых организмах) показано, что ДНК ГМ Bt-кукурузы сохраняется в процессе переваривания и присутствует в пищеварительных соках овец. Это означает, что существует вероятность внедрения гена кукурузы, определяющего устойчивость к антибиотикам, в ДНК кишечной флоры — пример горизонтального переноса генов67. Если устойчивый к антибиотикам ген передастся патогенному виду бактерий, это может привести к образованию в кишечнике болезнетворных микроорганизмов, резистентных к воздействию антибиотиков (супербактерий, superbugs).